Στα σημεία που συναντιέται, ο ασβεστόλιθος (αφήνει το νερό να περνά από μέσα του) με τον σχιστόλιθο (δεν επιτρέπει το νερό να περάσει), το νερό των βροχών  και το λιωμένο χιόνι ξαναβγαίνει στην επιφάνεια του εδάφους σχηματίζοντας πηγές.
Στον Εθνικό Δρυμό Πάρνηθας υπάρχουν 45 πηγές συνεχούς ροής στοιχείο απαραίτητο, για την επιβίωση της πανίδας (κυρίως  των ελαφιών), για τους πεζοπόρους και τους επισκέπτες του.
Οι πηγές της Kιθάρας στην Ανατολική Πάρνηθα και της Γκούρας στη Δ. Πάρνηθα τροφοδοτούσαν στην αρχαιότητα τον ανατολικό και δυτικό κλάδο αντίστοιχα του Αδριάνειου υδραγωγείου, από τους οποίους υδρεύονταν οι πόλεις των Αθηνών και της Ελευσίνας. Ο ανατολικός κλάδος λειτουργούσε έως πρόσφατα, τροφοδοτώντας τη δεξαμενή του Κολωνακίου. ?λλες σημαντικές πηγές είναι της Αγίας Τριάδας, της Μόλας, του Αγίου Γεωργίου, της Αγίας Παρασκευής, του Αγίου Μερκουρίου, που βρίσκονται δίπλα σε όμορφα εξωκλήσια, καθώς και της Πλατάνας, της Σκίπιζας, του Κανταλιδιού, της Κορομηλιάς κ.ά. μέσα σε πανέμορφες τοποθεσίες.

Η βλάστηση στην Πάρνηθα, μπορεί γενικά να διακριθεί, σε τρεις κύριες ζώνες.

Η πρώτη ζώνη εκτείνεται από τα 400 έως τα 1000 m περίπου. Σε αυτή τη ζώνη κυριαρχούν τα δάση (Xαλεπίου πεύκης) Pinus halepensis, οι σχηματισμοί με Πουρνάρι(Quercus coccifera), Σχίνο(Pistacia lentiscus), Κουμαριά(Arbutus unedo) και Γλύστροκουμαριά(Arbutus andrachne), καθώς και φρυγανικά οικοσυστήματα. Στα ανώτερα της ζώνης αυτής, η Xαλέπιος πεύκη (Pinus halepensis) σχηματίζει μικτό δάσος με την Kεφαλληνιακή ελάτη (Abies cephalonica).